Nấm trong tiếng Nhật được gọi là "Kinoko". Các loại nấm khác nhau lại được sử dụng trong các món ăn khác nhau. Một số loại nấm phổ biến ở Nhật Bản được Nam Á liệt kê dưới đây
Shiitake
Shiitake là một trong những loại nấm phổ biến nhất trong nấu ăn Nhật Bản và cũng nổi tiếng bên ngoài Nhật Bản. Loại nấm này có thể được ăn tươi hoặc khô, sau khi ngâm trong nước trước khi được sử dụng. Nấm shiitake có thể được tìm thấy trong các món ăn khác nhau như nabe (lẩu), tempura...
Maitake
Maitake cũng là loại nấm rất phổ biến trong ẩm thực Nhật Bản. Maitake phát triển thành khóm lớn và đôi khi được gọi là vua của nấm.
Bunashimeji
Bunashimeji cũng là loại nấm được nhiều người trồng và sử dụng.
Matsutake
Matsutake là loại nấm có giá cả khá cao và dành cho những người sành ăn, loại này không được trồng phổ biến và chỉ có vào mùa thu. Chúng được tìm thấy dưới các cây thông (Matsu) và ngon nhất khi nó vẫn còn mũ. Matsutake được ăn như một món nướng hoặc nấu với gạo.
Enoki
Enoki là một loại nấm trồng, ăn giòn và được sử dụng nhiều trong các món lẩu.
Hiratake
Hiratake là tên tiếng Nhật của nấm sò. Có nhiều giống gieo trồng của hiratake, mỗi giống lại là một hương vị khác nhau. Eringi là một ví dụ điển hình của nấm hiratake trồng.